| C. jordani Xochimilco Channels (N = 4) | C. sphyraena Chapala lake (N = 4) | C. riojai Ignacio Ramírez (N = 4) | C. grandocule Pátzcuaro Lake (N = 4) | C. promelas Chapala Lake (N = 2) | P. alchichica Alchichica, Puebla (N = 4) | |
| Chum07 | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ |
| Chum10 | + | + | + | ++ | - | - |
| Chum11 | + | + | ++ | ++ | ++ | ++ |
| Chum12 | + | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ |
| Chum14 | + | ++ | ++ | ++ | - | ++ |
| Chum15 | ++ | ++ | - | ++ | - | - |
| Chum18 | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ |
| Chum27 | + | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ |
| Chum30 | ++ | ++ | ++ | + | - | ++ |
| Chum33 | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ |
| Chum39 | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ |
| Chum44 | ++ | ++ | ++ | ++ | + | ++ |
| Chum48 | ++ | ++ | ++ | ++ | + | ++ |
| Chum53 | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ |
| Chum55 | ++ | - | ++ | ++ | + | ++ |
| Chum56 | ++ | + | ++ | ++ | ++ | ++ |
| Chum57 | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ |
| Chum58 | ++ | ++ | ++ | ++ | + | + |
| Chum59 | ++ | + | ++ | ++ | - | ++ |
| Chum60 | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ |
| Chum62 | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ |
| Chum63 | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ |
| Chum65 | ++ | ++ | ++ | ++ | + | ++ |
| Chum68 | + | ++ | ++ | ++ | + | ++ |
| Chum69 | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ | ++ |
| Chum70 | ++ | + | ++ | - | - | ++ |
| ++ + | 77% 23% | 77% 19% | 92% 4% | 92% 4% | 54% 23% | 88% 4% |
| Proportion Polymorphic Loci | 77% | 88% | 84% | 88% | 50% | 63% |